سید مصطفی خمینی (آذر 1309-1 آبان 1356)، فرزند بزرگ روحالله خمینی بنیانگذار نظام جمهوری اسلامی و از فعالان سیاسی تا پیش از انقلاب ایران بود.
او در آذر 1309، در قم متولد شد. تحصیلات ابتدایی را در مدرسههای باقریه و سنایی به پایان رساند. در سال 1325 به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و در سال 1330 سطح را به پایان رساند و در درس خارج میرزا حسن موسوی بجنوردی و حسین طباطبائی بروجردی حضور یافت.[2] مصطفی علاوه بر اجتهاد در فقه و اصول، در علوم معقول و منقول نیز مهارت داشت.
او دو فرزند داشت که حاصل ازدواجش با دختر آیتالله شیخ مرتضی حائری یزدی فرزند آیتالله حاج شیخ عبدالکریم حائری موسس حوزه علمیه قم بود فرزند دختر، سیده مریم نام داشت که پزشک شد و چندی در امارات متحده عربی (دوبی) و اکنون در سوئیس زندگی میکند و فرزند پسر، سید حسین خمینی است که طلبه و روحانی شد و در سالهای اول انقلاب اسلامی وارد عرصه سیاست شد.سید حسین خمینی از مخالفان جمهوری اسلامی است.[3][4][5]
از همان روزهای نخستین فعالیتهای سیاسی خمینی بر ضد حکومت پهلوی، در کنار او به فعالیت سیاسی پرداخت و [2] در پیشبرد حرکت اسلامی نقش بسزایی داشت. خمینی در روز 4 آبان 1343 علیه لایحه کاپیتولاسیون و انقلاب سفید، دولت وقت ایران سخنرانی کرد. در 13 آبان همان سال خمینی، شبانه دستگیر و به ترکیه تبعید شد.
پس از این ماجراها، نیروهای امنیتی ایران، مصطفی خمینی را دستگیر و سپس به ترکیه و عراق تبعید کردند. سید مصطفی خمینی، در نجف به مبارزه بر ضد حکومت پهلوی پرداخت و بر ادعای مرکز اسناد انقلاب اسلامی، مشاور برجستهای برای سید روحالله خمینی بود.[6]
ساواک که از سابقه مبارزاتی مصطفی خبر داشت در 15 خرداد 1342 دستور جلب اورا به شهربانی قم صادر کرد. ماموران زمانی که مصطفی در خانه آیتالله مرعشی نجفی مشغول صحبت با ایشان بود، به آن جا یورش بردند و او را دستگیر کردند و مدت 57 روز در زندان قزل قلعه و در سلول انفرادی زندانی کردند[6].
در 8 دی 1343 او را از زندان آزاد کرده و در 13 دی که تنها 5 روز از آزادی اش میگذشت به دنبال استقبال چشمگیر مردم، ماموران حکومتی به خانه او در قم حمله کردند و بار دیگر مصطفی را دستگیر و به تهران اعزام میکنند.[2][6]
مصطفی خمینی یک سال در شهر بورسای ترکیه به حالت تبعید ماند اما باز سعی در بازگشت به ایران کرد و با رئیس سازمان امنیت بورسا در این زمینه اقدام به گفتگو کرد تا در مورد بازگشتش به ایران با نعمتالله نصیری گفتگو کند. نصیری شرط حضور مصطفی خمینی را ماندن در خانهای روستایی و عدم ارتباط با انقلابیون اعلام کرد که با عدم موافقت مصطفی، وی به همراه خمینی در تبعید ماند.[2]
در 13 مهر 1344 خمینی و سید مصطفی از ترکیه به عراق برده شدند و در 23 مهر در نجف ساکن شده و بحث را آغاز کردند و مصطفی علاوه بر حضور در درس خمینی، شروع به تدریس کردند.[2]
مصطفی در عراق نیز از مبارزه دست نکشید و به دنبال اوج گیری نهضت رهایی بخش فلسطین، تلاش کرد که روحانیون خارج از کشور به پایگاههای فلسطین بروند و در آن جا دوره ببینند، وی حتی خود تحت آموزشهای نظامی قرار گرفت. فعالیتهای او سبب شد که در 21 خرداد 1348 رئیس جمهور وقت عراق، احمد حسن البکر، او را تهدید به برخورد کرد.[2]
سید مصطفی خمینی در 1 آبان 1356 در 47 سالگی درگذشت. او از آغاز فعالیتهای سیاسی همواره مورد تهدید نیروهای امنیتی قرار داشت و با توجه به تلاش گسترده او در نهضت خمینی در ایران و عراق، از سوی مقامات ایرانی و عراقی شدیداً مورد تهدید قرار داشت، به همین دلیل هنگام انتشار درگذشت او، برای بسیاری از انقلابیون قابل قبول نبود که فوت وی به صورت طبیعی اتفاق افتاده باشد، علاوه بر اینکه تا آن زمان نشانی از بیماری جدی در او دیده نمیشد.[2] بسیاری معتقدند که سید مصطفی از نزدیکترین افراد به سید روحالله خمینی بود و مرگ وی ضربه سنگینی برای پدرش بود. مراسم عزای سید مصطفی حرکتی ضد حکومت پهلوی شد.[7]
بعد از مرگش سید روحالله خمینی در پیامی کوتاه چنین نوشت:
انا لله و انا الیه راجعون
در روز یکشنبه نهم ذی القعده الحرام 1397 مصطفی خمینی، نور بصرم و مهجه قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد
اللهم ارحمه واغفر له واسکنه الجنه بحق اولیائک الطاهرین علیهم الصلوه والسلام[2].
نماز را سید ابوالقاسم خوئی برای مصطفی خمینی اقامه کرد و پس از تشییع، وی را در حرم علی ابن ابیطالب و در کنار قبر محمد حسین اصفهانی کمپانی دفن کردند.